Skúšobňa je priestorovo a personálne rozdelená na mikrobiologické oddelenie vykonávajúce mikrobiologické skúšanie formou dôkazov a stanovenia počtov mikrobiologických ukazovateľov a charakteristík využívajúc kultivačné, filtračné, biochemické a mikroskopické postupy. Chemicko-fyzikálne oddelenie zabezpečuje kvalitatívne a kvantitatívne skúšanie využívajúc odmerné, gravimetrické, spektroskopické, optické, elektrochemické a chromatografické nástroje modernej analytickej chémie. Súčasťou chemicko-fyzikálneho oddelenia je pracovisko senzorického hodnotenia, teda hodnotenia organoleptických vlastnosti najmä potravín, vôd a krmív.