Vyšetruje prítomnosť patogénnych, podmienene patógénnych a iných mikroorganizmov v pitných, úžitkových vodách, vodách na kúpanie, nápojoch, všetkých typch potravinárských výrobkov, koreninách, krmivách, biologických materiáloch (mekónium, trus, kloakálne výtery, kadávery). V rámci kontroly hygieny prostredia vyšetruje stery z prostredia, zvierat a pod. V potravinách dokazuje prítomnosť rezíduí inhibičných látok, určuje citlivosť mikróbov na antibiotiká, kontroluje účinnosť sterilizácie.

Skúšky sa vykonávajú na základe žiadosti, či plánu zákazníkov. Výsledkami sa sleduje dodržiavanie a súlad výsledkov s požiadavkymi legislatívnych noriem, smerníc v zmysle výnosov a nariadení ministerstva pôdohospodárstva a zdravotníctva SR, Európskeho spoločenstva, či interných smerníc zákazníkov.

Mikrobiologické oddelenie vykonáva:

• stanovenie počtu koliformných mikroorganizmov, celkového počtu aeróbnych a kultivovateľných mikroorganizmov v požívatinách, steroch, vodách,
• stanovenie počtu Enterobacteriaceae, Staphylococcus aureus, Staphylococcus sp., Micrococcus sp, Salmonella sp. v požívatinách, krmivách, steroch, vodách, biologických materiáloch,
• stanovenie počtu kvasiniek, plesní v požívatinách, krmivách, steroch, vodách,
• stanovenie počtu Escherichia coli, Escherichia coli O157:H7, Clostridium sp., Clostridium perfringens, spór anaeoróbov redukujúcich siričitany (klostrídií) v požívatinách, krmivách, steroch, vodách,
• stanovenie počtu Proteus, Klesbiella, Citrobacter, Pseudomonas aeruginosa vo vodách, požívatinách,
• stanovenie počtu Streptococcus, Bacillus cereus, sporotvorných mikroorganizmov v požívatinách,
• stanovenie počtu Listéria monocytogenes v požívatinách a steroch,
• stanovenie počtu Enterococcus sp. v požívatinách a vodách
• stanovenie počtu bakterií mliečneho kvasenia Lactobacillus v požívatinách,
• stanovenie počtu Vibrio parahaemolyticus v rybách a výrobkoch z rýb,
• stanovenie počtu slizotvorných baktérií rodu Leuconostoc v nápojoch,
• stanovenie celkového počtu heterotrophných baktérii vo vodách,
• dôkaz rezíduí inhibičných látok v potravinách a určovanie citlivosti mikroorganizmov na antibiotiká,
• stanovenie počtu somatických buniek v mlieku,
• stanovenie počtu Camphylobacter jejunii, Yersinia enterocolitica v požívatinách,
• dôkaz prítomnosti Erysipelothrix insidiosa vo vzorkách zo sanitného bitúnku,
• základný biologický rozbor pitných, úžitkových vôd a vôd na kúpanie